心肌囊肿是在胚胎时期原始腔隙未能和其他腔隙隔合成心肌，而单独形成一个空腔，以后就可发展成为心肌囊肿。囊肿壁多菲薄透明，外壁为疏松结缔组织，内壁为单层的间皮细胞，其上有血管分布，类似心肌组织，囊内含有澄清或淡黄色液体，偶见血性液体。